Decomb i deinterlace filtere treba da koristiš samo ako ti je izvorni video interlaced a ti hoćeš progressive izlazni fajl. Tj. ako ti je izvorni video progressive, isključi decomb i deinterlace da ti ne bi slučajno napravili problem. Deinterlace progressive videa može da pogorša kvalitet.
Standardna ekstenzija je MP4. Apple je uveo M4V, M4A, M4P i slične da bi se lakše razgraničili audio (M4A), video (M4V), fajlovi sa DRM zaštitom (M4P) a, u stvari, sve je to jedan jedini MP4 kontejner.
Ako Handbrake neće automatski da stavi MP4 ekstenziju, nakon konverzije ručno promeni ekstenziju iz M4V u MP4 jer to jeste MP4 kontejner.